Εναλλακτική λύση για όσους μαθητές δεν επιθυμούν να παρακολουθήσουν τη διδασκαλία των Θρησκευτικών, δίνει το υπουργείο Παιδείας. Σύμφωνα με εγκύκλιο που εστάλη στις διευθύνσεις δευτεροβάθμιας εκπαίδευσης, αντί για το μάθημα των Θρησκευτικών οι μαθητές θα παρακολουθούν υποχρεωτικά κάποιο άλλο μάθημα, ανάλογα με τις μαθησιακές τους ανάγκες, ενώ οι αλλοδαποί θα διδάσκονται μαθήματα ελληνικής γλώσσας.Συγκεκριμένα, στην τάξη με άλλο διδακτικό πρόγραμμα θα μπαίνουν όσοι μαθητές απαλλάσσονται για λόγους συνείδησης από τα θρησκευτικά. Αυτό προβλέπει νέα εγκύκλιος του υπουργείου παιδείας σύμφωνα με την οποία διευκρινίζει ότι "για μεν τους αλλοδαπούς το πρόγραμμα αφορά στο μάθημα της ελληνικής γλώσσας, για δε τους υπόλοιπους, μάθημα ανάλογο με τις μαθησιακές τους ανάγκες".
Η Εκκλησία αντιδρά έντονα καθώς θεωρεί ότι η ρύθμιση καθιστά το μάθημα προαιρετικό. Η Διαρκής ιερά σύνοδος προτίθεται να στείλει επιστολή σον υπουργό παιδείας ζητώντας να ισχύσει η προηγούμενη εγκύκλιος του 2007, σύμφωνα με την οποία απαλλάσσονταν μόνο όσοι δήλωναν ότι ακολουθούν άλλο θρήσκευμα.
"Είναι άχρηστο το σχολείο, που απλά καθιστά τους μαθητές "ρεζερβουάρ" πληροφοριών και δεν προσφέρει σε αυτούς Παιδεία με την τρισυπόστατη διάστασή της ως εκπαίδευσης, μόρφωσης και ηθικής καλλιέργειας. Δεν υπάρχει ουδέτερη γνώση, ενώ παράλληλα η άχρωμη ηθική οδηγεί το νέο σε καταστάσεις ανασφάλειας, απάθειας και απροσάρμοστης συμπεριφοράς" επισημαίνει σε σχετική επιστολή του ο κοσμήτορας της θεολογικής σχολής του Αριστοτελείου Πανεπιστημίου Ιωάννης Κογκούλης.
Ο ΛΑ.Ο.Σ. σε ανακοίνωσή του αναφέρει ότι "Η Αποδόμηση του μαθήματος των Θρησκευτικών ως συνέχεια του εξοβελισμού του θρησκεύματος από τις ταυτότητες και της πρωινής προσευχής στα Σχολεία επιβεβαιώνει πόσο βαθιά έχει εισχωρήσει ο ΝΕΟΤΑΞΙΣΜΟΣ στην Ελληνική Πολιτεία".